Drugostopenjski organ po preučitvi pritožbenih razlogov in glede na kršitve, na katere pazi po uradni dolžnosti, lahko glede na tretji odstavek 246. člena ZUP zavrne pritožbo, prvostopenjsko odločbo v celoti ali deloma odpravi, spremeni ali izreče za nično (Jerovšek in Kovač, Upravni postopek in upravni spor, 2019, str. 240).

Če drugostopenjski organ pritožbi ugodi in ne odloči sam o zadevi, prvostopenjsko odločbo odpravi in zadevo vrne v ponovni postopek. Vendar to lahko stori le, če spozna, da bo pomanjkljivosti postopka hitreje in bolj ekonomično odpravil organ prve stopnje (tretji odstavek 251. člen ZUP). To presojo mora v svoji odločbi tudi obrazložiti, pri tem pa mora upoštevati tudi sorazmernost med vidiki načela ekonomičnosti ter načelom varstva pravic strank ter odločanja v razumnem roku (6. člen Evropske konvencije o varstvu človekovih pravic, EKČP, spremenjena s Protokoli št. 11 in nasl.), saj lahko taka odločitev negativno vpliva na možnost stranke do hitrega in učinkovitega odločanja upravnih organov o njenih pravicah in obveznostih (Kovač in Kerševan (ur.), Komentar ZUP, 2020, 2. knjiga, str. 609). Drugostopenjski organ mora v odločbi, če vrne zadevo v ponovni postopek prvostopenjskemu organu, opozoriti, glede česa je treba dopolniti postopek ali odpraviti pomanjkljivosti (prav tam).

Če se odločba odpravi, to pomeni, da se odpravijo tudi pravne posledice, ki so iz nje nastale (prvi odstavek 281. člena ZUP). Navedeno pomeni, da se vzpostavi stanje, kakršno je bilo pred izdajo odpravljene odločbe. V novem postopku prvostopenjski organ tako ne odpravlja svoje prvotne odločbe, saj je to storilo z drugostopenjsko odločitvijo že pritožbeno ministrstvo, mora pa prvostopenjski organ svoj prvotni postopek dopolniti in izdati nov prvostopenjski akt (glej primer).

Ponovni postopek pa ne pomeni, da se postopek začne znova, ampak je namenjen odpravi nepravilnosti prej izdane odločbe v skladu z opozorili drugostopenjskega organa v pritožbenem postopku (251. člen ZUP) oziroma v skladu s pravnim mnenjem sodišča glede materialnega prava ter v skladu s stališči sodišča glede postopka, če je bila odločba odpravljena v upravnem sporu (glej sodbo UPRS I U 1515/2018-9 z dne 21. 7. 2020). Zaradi ponovnega postopka prvostopenjski organ nima več popolne samostojnosti (12. člen ZUP) pri odločanju o zadevi, zato je vezan na napotila drugostopenjskega organa o načinu vodenja postopka in mora vseskozi ravnati po njegovi odločbi (glej primer). Brez odlašanja, a najpozneje v 30 dneh od prejema zadeve mora prvostopenjski organ izdati novo odločbo (tretji odstavek 251. člena ZUP) (prav tam, str. 610).

A vendar je prvostopenjski organ v ponovnem postopku vezan na navodila druge stopnje le tako dolgo, dokler ostaja dejansko stanje nespremenjeno. Če na podlagi novih dejstev in novih dokazov, ki jih lahko uveljavlja tudi stranka, v ponovnem postopku ugotovi drugačno stanje stvari, je organ prve stopnje – skladno s temeljnim načelom materialne resnice – dolžan upoštevati novo dejansko stanje in na podlagi takega dejanskega stanja odločiti v zadevi skladno z ustreznimi materialnimi predpisi (glej sodbo UPRS I U 143/2011 z dne 20. 11. 2012 in primer).

Hkrati gre opozoriti, da so sodna praksa in s tem pravna stališča o tem, ali se pri izdaji nove odločbe v ponovljenem postopku upošteva dejansko stanje ob prvi odločbi, čeprav odpravljeni, ali novo dejansko stanje, ker je prva odločba odpravljena, različna. Prvi zagovarjajo, da je namen pritožbe le preverka zakonitosti prve odločbe in se sprašujejo, ali lahko instančni organi v primerih, ko odločajo meritorno (po vsebini), presojajo zakonitost po stanju ob izdaji izpodbijane odločbe, odločajo pa po spremenjenem dejanskem stanju. Izpostavljajo, da z vidika zakonitosti ne gre razlikovati med odločanjem na drugi ali med odločanjem (po vrnitvi v ponovno odločanje) na prvi stopnji, upoštevati pa je treba tudi 22. člen Ustave o enakem varstvu pravic strank. Medtem ko pa drugi menijo, da je ravno z vidika zakonitosti treba odločiti po dejstvih, obstoječih času odločanja, kar je po odpravi prve odločbe na novo opredeljeno za novo obdobje, vključno z novonastalimi dejstvi v času ponovljenega postopka, kot tudi zgoraj zapisano za dani primer iz vprašanja. Vsekakor pa bo na ta vprašanja morala odgovoriti sodna praksa, ki se glede tega vprašanja še razvija.