Organ prve stopnje je prejel zadevo v ponovno odločanje s strani drugostopnega organa zaradi določene formalne napake. Ali mora organ prve stopnje v postopku ponovnega odločanja, ugotavljati novo dejansko stanje zadeve, npr. ponovno opravljati ogled, čeprav je bil ta opravljen že v ugotovitvenem postopku pred izdajo izpodbite odločbe? Ali se odloči v novem postopku na podlagi ob prvi odločbi obstoječih dejstev, če so bila pravilno in popolno ugotovljena, ali na podlagi novih dejstev (obstoječih sedaj, ko se vodi nov postopek), kajti če gre za postopek po uradni dolžnosti, pa je stranka razlog za tek postopka odpravila (šele) v času teka pritožbenega postopka, bo moral prvostopenjski organ sedaj izdati sklep o ustavitvi postopka, čeprav je bil prvotni postopek in tudi odločba glede na dejstva pravilna?

Kadar organ druge stopnje v pritožbenem postopku ugotovi, da so bila v postopku na prvi stopnji nepopolno ali zmotno ugotovljena dejstva, da je v postopku prišlo do bistvenih kršitev pravil postopka oziroma, da je izrek izpodbijane odločbe nejasen ali pa v nasprotju z obrazložitvijo, po določbi 251. člen ZUP dopolni postopek in odpravi omenjene pomanjkljivosti bodisi sam bodisi po organu prve stopnje ali pa po zaprošenem organu. Če organ druge stopnje ugotovi, da bi hitreje in bolj ekonomično odpravil pomanjkljivosti v postopku organ prve stopnje, potem odpravi odločbo prve stopnje s svojo odločbo in zadevo vrne organu prve stopnje v ponovni postopek. V odločbi organ druge stopnje prvostopnemu organu da usmeritve za dopolnitev.

Prvostopni organ mora v ponovnem postopku vseskozi upoštevati usmeritve organa druge stopnje in brez odlašanja, najpozneje pa v 30 dneh od prejema zadeve, izdati novo odločbo. Organ prve stopnje je na usmeritve drugostopenjskega organa vezan le, dokler ostaja dejansko stanje nespremenjeno. Če se v ponovnem postopku ugotovi drugačno dejansko stanje zadeve, je organ prve stopnje dolžan, skladno s temeljnim načelom materialne resnice (8. člen ZUP), upoštevati novo dejansko stanje in na podlagi novega dejanskega stanja odločiti v zadevi skladno z materialnimi predpisi.

Pri ponovnem odločanju mora upravni organ upoštevati, da gre zaradi odpravljene odločbe v pritožbenem postopku za reševanje še nerešene zadeve. Zato vodi nov postopek, kot bi bil voden prvotno oziroma prvič in edinič, saj tako res velja pravno v razmerju do stranke - razen kolikor smernice pritožbenega organa glede načina vodenja postopka niso izrecno drugačne (npr. da se ponovi le določeno procesno dejanje, ostali deli in izidi prvotnega postopka pa se upoštevajo tudi v ponovljenem postopku).

Če se v postopku dejansko stanje ugotavlja z ogledom, pregledom ali na kakšen drug način, mora to dejanje prvostopni organ v postopku opraviti, če mu je to izrecno naloženo z odločbo drugostopnega organa oziroma, če ni mogoče drugače ugotoviti trenutnega dejanskega stanja zadeve.

Prvostopenjski organ torej pri novem odločanju upošteva dejstva, obstoječa v času odločanja (sedaj), čeprav so se spremenila šele po izdaji prvotne odločbe. Zaradi odprave te odločbe znova nastopi položaj, ko o zadevi (še) ni rešeno. To ne pomeni, da bi lahko bila stranka v sami pritožbi uspešna zgolj na podlagi tega, ker bi izpodbijala odločbo, češ saj ni več dejanskega stanu, na katerega se odločba opira, kajti po tretjem odstavku 238. člena ZUP je stranka z izdajo odločbe prekludirana (prim. Androjna in Kerševan, Upravno procesno pravo, 2006, str. 503 in povezane). Toda če je drugostopenjski organ odpravil odločbo na temelju drugih napak, kot v navedenem primeru, pa mora prvostopenjski organ vselej upoštevati v novem odločanju sedaj obstoječe okoliščine.

Upravni postopek, tudi uveden po uradni dolžnosti, nikakor ni namenjen kaznovanju stranke, ampak vzpostavitvi zakonitega stanja v razmerju do javnega interesa. Le upoštevanje pravih in vseh merodajnih dejstev po področnih predpisih uresniči načelo zakonitosti (6. člen ZUP). Zato se v primeru (ponovljenega oziroma nadaljevanja prvotnega) postopka izda akt, ki ustreza sedaj obstoječim dejstvom. Kolikor ni (več) razloga za tek postopka po uradni dolžnosti, se po 135. člen ZUP tak postopek zato ustavi s sklepom.

Če področni predpisi kršitev sankcionirajo tudi s prekrškovno odgovornostjo, se poleg upravnega postopka zoper stranko uvede postopek o prekršku, kjer se jo kaznuje za preteklo dejanje, čeprav je kršitev odpravila. Namen upravnega postopka je torej bistveno različen od kaznovalnih.

Če bo stranka morda predpise ponovno kršila, češ da je morda sedaj pomanjkljivosti odpravila le zato, ker je bil sploh zoper njo uveden prvotni postopek, bo potrebno novo ukrepanje organa (po uradni dolžnosti). Tedaj bo uveden nov postopek, saj bo šlo zaradi spremenjenih dejstev - kljub isti stranki, istim predpisom in istem tipu kršitve - za novo zadevo, kjer se bo odločilo upoštevaje tedaj obstoječe okoliščine.