Skladno z 38. členom ZUP o izločitvi uradne osebe, ki vodi postopek, odloči predstojnik organa s sklepom. Pri tem 39. člen ZUP določa, da je zoper sklep, s katerim je zavrnjena zahteva stranke za izločitev, dovoljena pritožba. V zvezi s tem nas zanima, kateri je pritožbeni organ: ali je to tisti, ki odloča o pritožbi zoper glavno stvar ali je samo za to področje pristojno Ministrstvo za javno upravo? Posledično se potem glavni upravni postopek prekine do odločitve o pritožbi zoper sklep o zavrnitvi o izločitvi uradne osebe iz postopka?

Zoper sklep, s katerim je zavrnjena zahteva stranke za izločitev uradne osebe, je dovoljena pritožba in to na pristojni drugostopenjski organ, ki je v danem primeru resorno ministrstvo (npr. če je v postopku izdaje gradbenega dovoljenja odločala upravna enota, na območju katere leži nepremičnina, ki je predmet gradbenega dovoljenja, potem je nadzorstveni organ Ministrstvo za okolje in prostor). Pritožba se lahko vloži pisno, priporočeno po pošti, pisno neposredno ali ustno na zapisnik pri organu, ki je odločal na prvi stopnji. Če bi stranka svojo zahtevo za izločitev uradne osebe poslala organu, ki za odločanje o tem vprašanju ni pristojen, mora organ ravnati v skladu s tretjim in četrtim odstavkom 65. člena ZUP (Breznik et al., ZUP s komentarjem, 2008, str. 165).

Pravila o izločitvi veljajo za uradne osebe na obeh stopnjah postopka, pa tudi v postopku z izrednimi pravnimi sredstvi. Na tem mestu velja opozoriti še na razlike med primeri, ko uradna oseba meni, da so podane kakršne druge okoliščine, ki bi bile lahko razlog za izločitev, in ko takšno zahtevo poda stranka. V prvem primeru mora uradna oseba, ko zve za kakšen izločitveni razlog iz 35. člena ZUP, opustiti kakršnokoli nadaljne delo v postopku oziroma upravni zadevi in to sporočiti predstojniku oziroma organu, ki je pristojen za odločanje o njeni izločitvi (36. člen ZUP). V drugem primeru, ko uradna oseba misli, da so podane kakršne druge okoliščine , ki zakonsko sicer niso izrecno navedene, vendar pa zaradi zagotavljanja nepristranskega odločanja opravičujejo njeno izločitev, sporoči to predstojniku oziroma organu, ki presodi opravičenost okoliščine za izločitev, ne sme pa prenehati z delom (36. člen ZUP). Ko pa zahteva izločitev stranka iz razlogov v 35. členu ZUP, potem tudi v tem primeru uradna oseba do izdaje sklepa o taki zahtevi ne sme opravljati nobenih dejanj v postopku, razen tistih, ki se ne morejo odlagati (npr. nujni ukrepi v javnem interesu – četrta točka prvega odstavka 144. člena ZUP) (glej 37. člen ZUP). Izločitev uradne osebe lahko zahteva stranka tudi, kadar druge okoliščine vzbujajo dvom o nepristranosti uradne osebe (glej Androjna in Kerševan, Upravno procesno pravo, 2006, str. 154).

Izogniti se tudi ni mogoče ugotovitvam, da je lahko predlog za izločitev tudi posledica nagajivosti in/oziroma zavlačevanja posledica, ki utegne biti tudi sankcionirana v smislu denarnega kaznovanja (glej 111. člen ZUP) ali stroškovne sankcije (glej 113. člen ZUP). Ob tem pa gre hkrati opozoriti, da mora biti upravni organ pri takšnem ravnanju sila pazljiv, saj nikakor ni dopustno pod grožnjo sankcije omejevati pravic strank v postopku. Zato naj bo načeloma posledica neutemeljene zahteve za izločitev zgolj zavrnitev le-te (Jerovšek et al., ZUP s komentarjem, 2004, str. 173).

V primeru ugoditve zahtevi za izločitev pritožba po naravi stvari ni predvidena, saj se s tovrstnim sklepom ne odloča o pravicah in obveznostih stranke (Jerovšek et al., ZUP s komentarjem, 2004, str. 176-177). Torej zoper sklep, s katerim je uradna oseba izločena, v nobenem primeru ni pritožbe (v sklepu o izločitvi je treba določiti uradno osebo, ki bo opravljala dejanja postopka ali vodila cel postopek oziroma odločila o zadevi namesto izločene uradne osebe), vedno pa je dovoljena pritožba zoper sklep, s katerim je bila strankina zahteva za izločitev zavrnjena, razen če gre za primer iz drugega odstavka 258. člena ZUP, torej pritožba zoper sklep ni dovoljena, če ni dovoljena pritožba zoper odločbo organa, ki je sklep izdal (glej Breznik et al., ZUP s komentarjem, 2008, str. 166). Upravni postopek o glavni stvari se ne prekine. Velja splošno pravilo v skladu s petim odstavkom 258. člena ZUP, da pritožba zoper sklep ne zadrži izvršitve sklepa.