Četudi je izdan akt očitno nezakonit, se vanj lahko posega le v okviru pravnih sredstev (rednih oz. izrednih).

Če stranka, ki je vložila nepopolno vlogo, v roku za odpravo pomanjkljivosti, slednjih ne odpravi, organ s sklepom zavrže vlogo. Zoper tak sklep je dovoljena pritožba (drugi odstavek 67. člena ZUP). Smisel in namen pritožbe je možnost izpodbijanja nezakonitosti. Na stranki pa je, da to redno pravno sredstvo tudi pravočasno uporabi. V nasprotnem primeru ostane akt, čeprav nezakonit, v veljavi, saj so pravna sredstva omejena z roki z namenom zagotovitve pravne varnosti. Edina izjema so najhujše kršitve, ki terjajo izrek ničnosti aktov - tukaj ZUP ne postavlja omejitev z roki. Čeprav nezakonit akt, se torej lahko odpravi in nadomesti le v okviru postopkov s pravnimi sredstvi. Stranka mora zato izpodbijati npr. preuranjen ali glede na pravočasno poslano dopolnitev nepopolne vloge nezakonit sklep o zavrženju s pritožbo, ne npr. zgolj opozoriti na napako ustno.

Glede dela organa prve stopnje v zvezi s pritožbo zoper sklep se smiselno uporabljajo določbe o pritožbi zoper odločbo (prvi odstavek 259. člena ZUP). Gre za analogijo intra legem, ki velja tako teoretično kot posebej za pritožbeni postopek glede na izrecno določbo 259. člena ZUP.

Organ, ki je izdal prvostopenjsko odločbo oz. sklep v tem primeru, mora, če spozna, da je pritožba utemeljena, pa ni potreben nov ugotovitveni postopek, rešiti zadevo drugače in z novo odločbo nadomestiti odločbo/sklep, ki se s pritožbo izpodbija (prvi odstavek 242. člena ZUP). Dispozitiv nove odločbe, izdane po prvem odstavku 242. člena ZUP, mora vsebovati dva dela. V prvem delu organ drugače odloči o zadevi, v drugem delu pa izreče, da se s to odločbo nadomesti prejšnja odločba/sklep. Brez slednjega dela izreka bi namreč prejšnja odločba ostala v veljavi (gl. Breznik et al., ZUP s komentarjem, 2008, str. 638). V konkretnem primeru se torej s posebno točko v izreku nadomestne določbe odpravi sedanji sklep o zavrženju. V zvezi z novo upravno odločbo veljajo glede pritožbe splošna pravila, v skladu s katerimi lahko stranke in druge osebe, ki so z odločbo prizadete v svojih pravicah in pravnih koristih, vložijo pritožbo (Jerovšek et al., ZUP s komentarjem, 2004, str. 670).