Organ A je sprožil kompetenčni spor z organom B pri organu, ki je obema nadrejen (pri področnem ministrstvu). Pristojni organ je izdal sklep, s katerim je določil, kateri organ je pristojen, vendar se z odločitvijo ne strinja organ A. Na sklepu je naveden pouk, da pritožba zoper sklep o določitvi pristojnosti ni dovoljena, ampak je dovoljen upravni spor. Postavlja se vprašanje, ali je smotrno zoper sklep vložiti upravni spor glede na to, da je bilo v prvem primeru pojasnjeno, da kot upravni organ, ta ne more vložiti upravnega spora, kljub dejstvu, da ima izdani sklep pravni pouk, ki napotuje na to ravnanje?

V drugem primeru je organ A je, zaradi neizdane pozitivne odločbe drugega upravnega organa B, področnemu ministrstvu kot nadzorstvenemu organu, ki nadzoruje delo organa B, predlagal, da odpravi odločitev organa B oz. temu naloži ukrepanje oz. izdajo pozitivne odločbe z naložitvijo obveznosti stranki. Po oceni organa A naj bi namreč organ B moral ukrepati, kar organ utemeljejuje tudi s poznavanjem področne zakonodaje, saj oba organa veže ista (oba organa sta npr. inšpektorata, ki nadzirata izvrševanje istega zakona, ali pa je en organ Policija in drugi notranji inšpektorat) . Nadzorstveni organ - ministrstvo je izdalo odločbo, s katero je zavrnilo odpravo akta organa B. Organ A ocenjuje, da nadzorstveni organ pri tem ni upošteval pravih dejstev. Ali lahko organ A vloži tožbo v upravnem sporu zoper odločbo nadzorstvenega organa?

Z začetkom rabe Zakona o upravnem sporu s 1. 1. 2007 (ZUS-1, Ur. l. RS, št. 105/06 in novele) ni več mogoče v upravnem sporu izpodbijati sklepa, s katerim je pristojni upravni organ odločil v sporu o pristojnosti (z ZUS-1 je bil razveljavljen tretji odstavek 27. člena ZUP). Če je pouk o pravnem sredstvu (tu v sklepu o določitvi pristojnosti) napačen (v tem primeru očitno, saj tožba v upravnem sporu zoper ta sklep ni dopustna), se ravna po splošnih pravilih in ne napačnem pouku v konkretnem aktu. Napačen pouk o pravnem sredstvu v nasprotju z zakonom namreč ne more ustvariti dodatnega ali drugačenega pravnega varstva, kot to izhaja iz zakona. To pomeni, da v prvem primeru organ A ali organ B niti stranka odločitve o določitvi pristojnosti ne moreta izpobijati s tožbo, saj je nenazadnje upravni spor namenjen presoji zakonitosti upravne odločitve o materialnopravni pravici ali obveznosti, ne pa procesni predpostavki, tj. pristojnosti upravnega organa. Če bo organ A vložil tožbo, bo zavržena kot nedopustna sama po sebi, ker ni dovoljena nobenemu subjektu.

Poleg tega lahko v upravnem sporu pravice in pravne interese uveljavljajo le stranke in ne organi. Organi namreč niso nosilci pravic, pravnih koristi in obveznosti, temveč imajo določene pristojnosti in pooblastila, zato jim ni zagotovljeno pravno varstvo kot strankam (prim. sklep Upravnega sodišča U 1717/2008-12 z dne 1. 8. 2008). Le stranka, ki meni, da je bila z odločitvijo prizadeta, lahko v upravnem sporu izpodbija (praviloma meritorni) akt v dokočno zaključeni upravni zadevi, katerega nezakonitost pa lahko utemeljuje tudi na kršitvi pravil o pristojnosti (glej Breznik et al., Zakon o upravnem sporu s komentarjem, 2008, str. 513).

V primerih, ki jih določa ZUS-1 (18. člen), je lahko tožnik v upravnem sporu poleg stranke in stranskega udeleženca le še zastopnik javnega interesa, to je državni organ (npr. višji državni odvetnik) ali druga oseba. En državni organ od drugega ne more uveljavljati postopanja oziroma sprožiti upravnega spora, tudi če je domnevno v javnem interesu (glej VS SRS U 790/92-2 z dne 11. 2. 1993). Tako narekuje načelo samostojnosti (120. člen Ustave RS in 12. člen ZUP). O delovanju višjega državnega odvetnika (prej državnega pravobranilca) po ZUS-1 gl. tudi v Androjna in Kerševan (Upravno procesno pravo, 2006, str. 683, saj celo zastopnik javnega interesa lahko vloži tožbo le na podlagi posebnega pooblastila Vlade). Organ A torej ne more izsiliti ukrepanja organa B, še zlasti ne v nasprotju s presojo nadzorstvenega organa organa B. Tudi taka tožba bi bila po ZUS-1 zavržena zaradi pomanjkanja stvarne legitimacije in tudi pravnega interesa za tožbo oz. odpravo določitve nadzorstvenega organa.