Ali je tudi pri smiselni rabi ZUP nujen dvostopenjski postopek odločanja, torej v področnih predpisih zagotovitev pristojnega organa za reševanje pritožb, čeprav bi moralo biti odločanje hitro (npr. pri dodeljevanju sredstev v okviru javnega razpisa za pridobitev državne pomoči)? Kateri organ naj bi odločal o pritožbah, če na prvi stopnji odloča npr. javna agencija, ali je to lahko denimo imenovana strokovna komisija ali področno ministrstvo? V teh zadevah je sprejeta tudi metodologija za postopanje v javnem razpisu - ali ta lahko uredi pritožbeni postopek?

Pravica do pritožbe je eno od temeljnih načel ZUP (13. člen ZUP) in tako je samo reševanje pritožb urejeno po ZUP. Pritožbeno raven se lahko izključi res le izjemoma, če tako določi zakon, ne nižji akt. 232. člen ZUP določa, da je o pritožbi zoper odločbo, ki jo je na prvi stopnji izdal nosilec javnega pooblastila (npr. agencija), odloča organ, določen z zakonom. Če (področni) zakon ne določa, kateri organ je pristojen za odločanje o pritožbi, odloča o njej po splošnih določbah ZUP zaradi odgovornosti resornega ministra na področju po predmetu postopka stvarno pristojno ministrstvo.

Razpis, ki določa pravila postopanja, ne more biti v neskladju z (nadrejenimi) veljavnimi predpisi, postopkovna pravila pa lahko določa izključno zakon in ne splošni akt ali podzakonski predpis (Jerovšek, ZUP z uvodnimi pojasnili, 1999). Razpis ali metodologija tako ne moreta reševati vprašanja na drugačen način, kot je ta določen v v veljavnem področnem predpisu, objavljenem v Uradnem listu RS, čeprav gre za pravilnik (izdan na podlagi zakona), npr. pravilnik o izvrševanju proračuna.

Pritožbeni postopek bi bilo formalno mogoče urediti drugače (kot po ZUP oz. pravilniku o izvrševanu proraračuna) le v veljavni področni zakonodaji, ne pa zgolj z razpisno metodologijo. V razpisnem postopku, ki ga npr. vodi javna agencija, pa nadalje po vsebinski plati pritožbeni postopek ne more biti le enostopenjski zgolj zaradi načelne potrebe po hitrosti odločanja, saj je dvostopenjski postopek ustavna kavtela (25. člen Ustave RS (URS, Ur. l. RS, št. 33/91-I in novele)) in je pritožbo mogoče izključiti ali omejiti le iz zelo omejenih razlogov. Zakonitost in varstvo pravic strank in javne koristi (6. člen in 7. člen ZUP) imata prednost pred hitostjo odločanja. Omogočenje pritožbe strankam v postopku pridobivanja javnih sredstev je nujna, le-ta pa po pravilniku o izvrševanju proračuna ne zadrži sklepanja pogodb z izbranimi, s čimer je področna ureditev po ustavnosodni praksi (gl. Androjna in Kerševan, Upravno procesno pravo, 2006, str. 122) že dovolj prilagojena posebnostim področja, saj sicer ZUP določa, da pritožba zadrži izvršitev. Preden področni predpis pritožbo izljuči, se mora namreč sorazmerno najprej preučiti možnost le omejitve pritožbe, kot tu, torej z njeno nesuspenzivnostjo.