Kateri predpis uporabi organ, če se med postopkom ta spremeni, ali tisti, ki je veljal v času vložitve zahteve oz. uvedbe postopka ali tisti, ki velja v času izdaje odločbe? Ali velja isto, če organ z izdajo odločbe na prvi stopnji zamuja izven instrukcijskega roka za odločitev v zadevi? Ali je odgovor enak, če pride do spremembe materialnega ali procesnega predpisa?

Bistveno pri odločanju po načelu (materialne) zakonitosti (6. člen ZUP) je, da se je potrebno držati veljavnih predpisov (po Androjna in Kerševan, Upravno procesno pravo, 2006, str. 79). To pomeni, da mora organ po 120. in 153. členu Ustave RS (URS, Ur. l. RS, št. 33/91-I in nasl.) in področnih predpisih ter v skladu s 1. členom ZUP in 3. členom ZUP voditi upravni postopek po zakonsko predpisanem protokolu (formalna zakonitost) ter odločiti o pravici ali obveznosti v takem obsegu in po takih pogojih, kot jih določa materialni predpis glede na dejstva v posamičnem primeru (materialna zakonitost) .

Predpisi in tudi pravno pomembna dejstva za odločitev pa se med postopkom spreminjajo, zlasi če postopki tečejo (nerazumno) dolgo. Zato bi bilo sistemsko najbolj pravilno, da bi normodajalec ob spremembi predpisa izrecno v prehodnih in končnih določbah opredelil, katero pravo velja v že začetih postopkih, a še ne končanih ob uveljavitvi spremembe predpisa.

Če teh določb ni, velja primarno načelo materialne zakonitosti, torej pride v poštev ob spremembi materialnih predpisov med postopkom odločanje na temelju veljavnih predpisov, se pravi po predpisu, ki velja v času odločanja, sploh upoštevaje, da organ odloča v predpisanem roku. Če pa je trajanje postopka nerazumno dolgo, npr. več let od vložitve zahetve, pa je Ustavno sodišče RS v več primerih na temelju 2. (načelo utemeljenih pričakovanj), 14. (načelo enakosti pred zakonom) in 22. člena Ustave RS (pravica do enakega pravnega varstva) presodilo, da se v takem položaju uporabi materialno pravo, ki je veljalo v času izteka predpisanega instrukcijskega roka za odločitev, čeprav v času dejanskega odločanja ne velja več (prim. denimo odločbo št. Up-304/01 z dne 20. 5. 2004).

Drugače velja, če se med postopkom spremeni procesna norma, torej zlasti ZUP. Pri spremembi procesnega prava pa tudi po sodni praksi velja, da se ne glede na trajanje postopkov uporabi vedno pozitivni predpis, ki velja v času dejanskega odločanja (gl. denimo sodbo Vrhovnega sodišča RS, št. I Up 289/05 z dne 17. 3. 2006, ali sklep Ustavnega sodišča RS, št. Up 585/05 z dne 24. 11. 2005). Enako pravilo torej velja, če upravni organ odloča izven instrukcijskega roka, pa se v tem času procesni predpis spremeni.

Če pa se med postopkom spremenijo dejstva, na podlagi katerih se odloča, se upošteva dejstva, ki so veljala v času izteka predpisanega roka za odločitev, ne pa morebiti po tem roku spremenjena (za stranko neugodna) dejstva .

Nikoli torej ne velja, da se odloča po pravu v času vložitve zahteve (razen če bi področni zakon izrecno tako določal). Prav tako se ne odloča tako, da se upošteva, kar je za stranko ugodneje. Vrhovno je načelo zakonitosti, torej spoštovanje veljavnega prava, izjeme pa pridejo v poštev le pri nerazumno dolgem odločanju. Če je za stranko ugodneje, da uveljavlja pravice ali pravne koristi po novoveljavnih predpisih, pa lahko umakne prvotno zahtevo in sproži nov postopek.