Pristojni upravni organ samostojno vodi postopek na prvi stopnji (npr. upravna enota vodi postopek izdaje dovoljenja za prebivanje tujca). Pri tem lahko sprejema vloge tudi preko pooblaščencev, kar določajo tudi določila področnega zakona. Med vodenjem samega postopka organ odločanja ni dolžan upoštevati opozorila drugih organov (npr. diplomatsko konzularnih predstavništev oz. ministrstva za zunanje zadeve), tudi če se ta opozorila nanašajo na različne zlorabe, ki vplivajo na dejstva, od katerih je po področnem zakonu odvisna odločitev v zadevi (npr. UE se obvesti o zlorabi dovoljenja za prebivanje tujca za pot v druge schengenske države, zaradi česar nov vizum ne bi smel biti izdan). Pri tem se zastavljajo naslednja vprašanja:

*Kako v takšnih primerih postopati, če odločujoči organ ne upošteva opozoril drugega organa? Organ, ki želi nuditi pravno pomoč organu odločanja, s tem da bi zanj opravil kakršnokoli opravilo (npr. zaslišanje stranke v tujini) in da bi ga na ta način lahko seznanil z ugotovitvami, ki bi lahko vplivale na odločitev, za to pomoč ni bil oz. je zelo redko zaprošen. Kako ravnati v primeru, ko organ odločanja o dodatnih dejstvih noče nič slišati in vztraja pri takojšnji vročitvi odločbe (npr. dovoljenju za prebivanje tujca)?
*Ali lahko kakšen drugi organ, ki se z izdajo odločbe ne strinja, po njeni vročitvi, vloži kakšno izredno pravno sredstvo po ZUP?
*Pristojni organ opravi zaprošeno opravilo, vendar ga organ odločanja ne upošteva in izda odločbo. Kakšne so pravne možnosti, da bi organ odločanja upošteval ugotovitve kakšnega drugega organa?

Postopek vodi in odloča v zadevi po ZUP le stvarno pristojen organ (npr. UE), drug organ lahko prek pravne pomoči, če ga "glavni" organ zaprosi, le pomaga ugotavljati relevantna dejstva. Drug organ ne more izsiliti, da ga pristojni zaprosi za pravno pomoč. Seveda pa je pristojni organ dolžan po načelu materialne resnice upoštevati vsa pravno pomembna dejstva, ki jih kakorkoli, od kogarkoli zve, če po področnem predpisu vplivajo na ne/ugoditev oz. odločitev v zadevi, sicer se po dokončnosti zoper izdano odločbo lahko uporabijo tudi izredna pravna sredstva (obnova postopka, izredna razveljavitev, odprava in razveljavitev odločbe po nadzorstveni pravici).

Glede samostojnosti ima organ odločanja formalno torej vso avtonomijo, drug organ je pristojen le za posamezna procesna dejanja, kakor določata ZUP in nadrejeno specialne določbe področnega zakona (tu denimo Zakona o tujcih, ZTuj-2, Ur. l. RS, št. 91/21 in nasl.). Če je drug organ pristojen npr. le za sprejem vloge (oz. presojo njene popolnosti), še nikakor ni pristojen za presojo ostalih dejstev in predvsem vsebinsko odločitev, slednje ostaja organu odločanja. Torej: čeprav DKP sprejemajo zahtevke po ZTuj-2, odloča (samo) UE.

Sistemsko se torej da nastala situacija rešiti izključno s sodelovanjem med posameznimi organi še pred izdajo odločbe. Sodelovanje bi potekalo v smislu, da je organ odločanja samostojen, a vezan, da ugotovi vsa relevantna dejstva za odločitev še pred izdajo odločbe na stopnji gotovosti. V ZUP ni podlage, da organ, ki je opravil pravno pomoč (npr. diplomatsko konzularno predstavništvo), »prisili« organ odločanja, da upošteva izsledke iz opravljenega procesnega dejanja, saj praviloma le organ, ki postopek v celoti vodi in odloča, ima vsa dejstva pred seboj in lahko oz. mora presoditi vsa dejstva in dokaze kot celoto.

V kolikor se po izdaji odločbe ugotovi neupoštevanje določenega pogoja po področnem zakonu, je izdana odločba nezakonita. Ob tem dejstvu obstaja podlaga za ukrepanje le v 260. členu ZUP, češ da je pristojni organ spregledal kako dejstvo, ki je obstajalo že ob izdaji odločbe, zaradi česar mu lahko drugi organ predlaga obnovo postopka po uradni dolžnosti. Prav tako lahko predlog za obnovo postopka podata državni pravobranilec in državni tožilec, če ugotovita, da izdana odločba posega v javne koristi. Dodatna možnost je še uporaba izrednega pravnega sredstva razveljavitve odločbe (npr. vizuma) po nadzorstveni pravici (drugi odstavek 274. člen ZUP) s strani nadzornega organa, (npr. pristojnega ministrstva in ne drugega organa oz. njegovega ministrstva), zaradi napačne uporabe materialnega prava glede na realni dejanski stan. V tem primeru se pristojnemu ministrstvu (le) predlaga oz. da pobudo take razveljavitve, vendar pa se ga ne more »prisiliti« k razveljavitvi, pa tudi ta učinkuje le za naprej, ne za nazaj (torej bi spet stranka vmes že lahko izvedla tranzit). Po ZUP pa ne obstaja možnost za »zadržanje« vročitve že izdane odločbe, se pravi, da je realno, da bo taka stranka izvršila odločbo, še preden bo pristojni organ izdal sklep o obnovi, ki ima sicer suspenzivni učinek. Predlog za odpravo in razveljavitev odločbe pa lahko poleg nadzorstvenega organa podajo tudi državni pravobranilec, državni tožilec in inšpektor. Izredna razveljavitev odločbe je možna zgolj kadar to narekujejo nujni ukrepi v javnem interesu, ki jih ni mogoče odlagati, če nevarnosti ne bi bilo mogoče uspešno odvrniti z drugimi sredstvi, s katerimi bi bile manj prizadete pridobljene pravice z izdano odločbo. Odločbo lahko razveljavi organ druge stopnje, če tega organa ni, pa vlada oziroma ministrstvo, v katerega delovno področje sodi zadeva po vsebini (278. člen ZUP).