Kaj če se prvostopenjski organ ne strinja z ugotovitvami drugostopenjskega organa, ki je odločal o pritožbi, oziroma se drugo stopenjski organ dejansko moti in izda nezakonito odločitev o pritožbi?

Upravni postopek je po svoji zasnovi dvostopenjski. To pomeni, da nad odločitvijo organa prve stopnje izvaja nadzor organ druge stopnje, ki zagotavlja zakonitost in pravilnost upravnega odločanja, tj. praviloma resorno ministrstvo na določenem področju, za katerega izvajanje javnih politik in področnega prava je odgovorno.

Prvostopenjski organ pa postopek v okviru svoje pristojnosti vodi samostojno, kar izhaja iz 12. člena ZUP, vendar ta samostojnost ni absolutna, saj je najprej zamejena že z načelom zakonitosti, po katerem organi odločajo na podlagi in v skladu z relevantnimi predpisi (6. člen ZUP). Samostojnost je nadalje omejena v primerih, ko drugostopenjski organ odpravi odločbo in zadevo vrne v ponovni postopek. Takrat mora prvostopenjski organ po tretjem odstavku 251. člena ZUP pri ponovnem odločanju upoštevati pravno mnenje in napotke drugostopenjskega organa glede načina vodenja postopka. Namen take določbe je zagotoviti enotnost in zakonitost odločanja v hierarhično urejenem sistemu upravnih organov. Organ druge stopnje pa lahko glede na ZUP podaja le napotila o postopku, ne pa razlagi materialnega prava ali dejstvih primera (v nasprotju z večjim pooblastili sodišča po 64. členu ZUS-1, ki lahko upravnemu organi naloži tudi slednje, če ugodi tožbi v upravnem sporu).

Če prvostopenjski organ meni, da je odločitev organa druge stopnje neutemeljena ali da je bilo pravno stališče napačno, to praviloma ni rešljivo v posamični zadevi. Tako zlasti prvostopenjski organ nima legitimacije za izpodbijanje drugostopenjske odločbe, saj bi šlo sicer za t. i. popačenje oblasti. Poleg tega je sodni nadzor pridržan varstvu pravic strank in ne obravnavi pristojnosti organov. Nadalje prvostopenjski organ ne sme pogojevati svojega ravnanja v ponovljenem postopku, čeprav se ne strinja z drugostopenjsko odločitvijo. Neupoštevanje pravnih napotkov bi pomenilo kršitev tretjega odstavka 251. člena ZUP, kar ima lahko za posledico, da drugostopenjski organ po četrtem odstavku istega člena ob ponovni pritožbi sam reši zadevo. Prvostopenjski organ se torej ne more sklicevati na svojo samostojnost v nasprotju z izrecnimi določbami ZUP.

V ponovljenem postopku je prvostopenjski organ dolžan izvesti vse procesne oziroma dokazne ukrepe, ki jih določi drugostopenjski organ, pri čemer mora hkrati spoštovati načelo materialne resnice iz 8. člena ZUP. Če se v dopolnjenem postopku pojavijo nova dejstva ali dokazi, jih mora organ prve stopnje upoštevati. Tudi v tem primeru mora biti odločitev skladna z zakonom in temeljiti na popolno ugotovljenem dejanskem stanju, da je odločitev zakonita po 6. členu ZUP.

Če drugostopenjski organ pri svoji odločitvi dejansko naredi napako, se ta torej ne more odpraviti tako, da bi prvostopenjski organ odločil drugače, kot je bilo naloženo v odločbi organa druge stopnje. Postopek upravnega odločanja je v tem delu zaključen, zato pravno sredstvo za odpravo napačne odločbe druge stopnje predstavlja tožba v upravnem sporu po 1. členu in 30. členu ZUS-1. Tožbo lahko vloži stranka, ki meni, da so bile z odločbo organa druge stopnje kršene njene pravice ali pravne koristi, oziroma višji državni odvetnik, če presodi, da gre za varstvo javne koristi. Prvostopenjski organ sam nima pravne podlage, da bi odločbo nadrejenega organa izpodbijal v sodnem postopku, lahko pa poda pobudo državnemu odvetništvu.

Iz navedenega izhaja, da prvostopenjski organ pri ponovnem odločanju ne sme odločiti v nasprotju z navodili organa druge stopnje, tudi če meni, da so ta napačna. Hierarhičen nadzor v sistemu upravnega postopka pomeni, da so navodila pritožbenega organa obvezna, njihova morebitna napačnost pa se lahko odpravi le v sodnem postopku. Načelo samostojnosti organa prve stopnje je v takih primerih omejeno z načelom zakonitosti in nadzorstveno pristojnostjo organa druge stopnje. Takšno razlago potrjuje tudi sodna praksa, po kateri je prvostopenjski organ v ponovljenem postopku vezan na napotke drugostopenjskega organa, dokler dejansko stanje ostaja nespremenjeno, saj neupoštevanje teh napotkov pomeni bistveno kršitev pravil postopka (glej npr. sodbo UPRS I U 1519/2011 z dne 19. 2. 2013).