Pritožbeni organ po 251. členu ZUP v primeru utemeljenosti pritožbe izpodbijano odločbo odpravi in sam sprejme rešitev ali zadevo vrne v novo odločanje organu prve stopnje.

V tretjem odstavku 251. člena je določeno, da če organ druge stopnje spozna, da bo pomanjkljivosti postopka na prvi stopnji hitreje in bolj ekonomično odpravil organ prve stopnje, odpravi odločbo prve stopnje s svojo odločbo in vrne zadevo organu prve stopnje v ponovni postopek. V takem primeru je organ druge stopnje dolžan s svojo odločbo opozoriti organ prve stopnje, glede česa je treba dopolniti postopek, organ prve stopnje pa mora vseskozi ravnati po tej odločbi in brez odlašanja, najpozneje pa v 30 dneh od prejema zadeve, izdati novo odločbo. Zoper novo odločbo ima stranka pravico pritožbe.

Če drugostopenjski organ pomotoma ni odločil o odpravi izpodbijane prvostopenjske odločbe, ta odločba ostane v veljavi. Zato prvostopenjski organ kljub napotilu iz drugostopenjske odločbe ne more izvesti ponovnega postopka in odločiti v zadevi, saj bi sicer o isti stvari obstajali dve prvostopenjski odločbi. Prvostopenjski organ namreč ni pristojen za odpravo svoje odločbe, ko je zadeva vrnjena v ponovno odločanje, saj zakon daje takšno pristojnost organu prve stopnje le ob izdaji nadomestne odločbe, če po vloženi pritožbi ugotovi, da je pritožba utemeljena (gl. 242. člen ZUP in nasl.). Prav tako ni mogoče šteti, da je drugostopenjski organ s tem, ko je pritožbi ugodil in zadevo vrnil v ponovno odločanje, tudi odpravil izpodbijano odločitev. Narava pravnega odločanja zahteva določno in jasno odločitev, kar v primeru odločanja o pritožbi pomeni odločitev o utemeljenosti pritožbe (npr. pritožbi se ugodi) in v primeru utemeljenosti še odločitev o odpravi ter nadaljnjem postopku v smislu izdaje meritorne odločbe ali vrnitve zadeve v ponovno odločanje (gl. zg.). Manko odločitve v delu, ki se nanaša na odpravo prvostopenjske odločbe, ni mogoče domnevati, enako kot ni mogoče domnevati meritorne odločitve oziroma odločitve o vrnitvi v ponovno odločanje na prvo stopnjo.

Zakon ne ureja načina odprave tovrstnih napak drugostopenjskih organov, zato je treba situacijo obravnavati po analogiji (analogia legis) s podobnimi pravno urejenimi situacijami. Ker organ z opustitvijo dolžnega postopanja ni odločil o vseh vprašanjih, o katerih bi moral odločati, je obravnavana situacija v precejšni meri podobna zakonskemu dejanskemu stanu, ki ureja izdajo dopolnilne odločbe (prvi odstavek 220. člena ZUP).

Zakon sicer izdajo dopolnilne odločbe omogoči, če ni bilo odločeno o vseh vprašanjih v zvezi s predmetom postopka. Dopolnilna odločba tako ni namenjena le direktni odločitvi o predmetu postopka, tj. o pravici, pravni koristi ali obveznosti, o kateri še ni bilo odločeno, ampak tudi drugim materialnopravnim vprašanjem v zvezi z omenjenim predmetom, o katerih bi organ moral odločiti pa ni (npr. o roku za izpolnitev obveznosti). Odprava prvostopenjske odločbe na drugi stopnji je po naravi stvari tudi odločitev o predmetu postopka. Zato bi drugostopenjski organ, ki o odpravi ni odločil, o tem moral odločati naknadno, z novo t. i. dopolnilno odločbo, v kateri bi odločil le o tistem vprašanju, o katerem še ni odločil, v obravnavanem primeru od odpravi prvostopenjske odločbe (iz odločbe mora biti razvidno, da se nanaša na odločitev v zadevi, o kateri je bilo že odločano, vendar ne v celoti).

Če drugostopenjski organ prvostopenjskemu pošlje z nepopolno odločitvijo, ga mora na to slednji opozoriti. Po vročitvi odločbe druge stopnje stranki, drugostopenjski organ lahko izda le dopolnilno odločbo. Če do vročitve še ni prišlo, kar pomeni, da v razmerju do stranke odločba ni bila izdana, lahko sicer drugostopenjski organ izda »novo« odločbo s popolnim izrekom.

Sklep o popravi pomote pa v navedenem primeru ne pride v poštev, saj sme z njim organ, skladno s prvim odstavkom 223. člena ZUP, popraviti pomote vsak čas, vendar zgolj v imenih ali številkah, pisne ali računske pomote ter druge očitne pomote v odločbi. Sklep o popravi pomote je torej možen le, v primerih, ko gre za formalne pomote (Jerovšek in Kovač, Upravni postopek in upravni spor, 2016, str. 217), kar pa ni ustrezno položaju v zadevnem primeru.